Это дело не в автомобиле и не во флешь памяти
Второй файл создает операционная система Mac, для храния кое каких данных, в интернете есть полно тем и разных способов как от них избавиться
У меня такое же было на домашней аудиосистеме, я просто аудио файлы заново переконвертировал и дубликаты сами пропали.