Почти уверен что это катушка зажигания. У меня было такое. Берешь подключаешь комп, садишь рядом спеца и он прямо во время тест-драйва в программе смотрит когда возникает пропуск. Пришлось немного поездить но в итоге нашли и заменили катушку(хотя с виду по ней и не скажешь что она плохая).
При отказе катушки сканер выдает соответствующию ошибку, а ТС написал, что на его машине только пропуски зажигания и о вибрации ничего не сказал. Есть ли еще, что то кроме пропусков?