Обороты могут плавать только в момент запуска или отключения компрессора кондиционера, т.к.в этот момент изменяется нагрузка на двигатель. Через 1-2 сек обороты должны возвращаться на заданную величину (как при отключенном кондиционере).
А если у Вас компрессор включился и обороты продолждают влавать в течение всего времени работы компрессора, то
а) надо проверить состояние компрессора кондиционера (может, уже умирает...) и кол-во охладителя в системе.
б) почистить дроссельную заслонку и MAF сенсор.
Причин может быть много. Если ошибок не выдает, начните с чистки дроссельной заслонки и MAF сенсора.
Про разницу в работе обогрева - авто или ручной - вообще непонятно.... Если на улице отрицательная температура - компрессор кондиционера не включается и эти режимы почти ничем не отличаются.
Возможно, проблема с электрикой. Надо проверить состояние аккумулятора, контактов на клеммах. Может Вам делали какой-то ремонт и плохо прикрутили провода на массу - проверить, не болтается ли какой-нибудь проводок под капотом...