Предположу, что проблема связана со вторым ключом и автозапуском, который срабатывает от него. Не знаю как на первом и втором кузове, но на третьем совершенно точно есть алгоритм, который запоминает и выставляет настройки климата, сидения и руля в зависимости от того, каким ключом воспользовались. Те, например, два человека могут пользоваться машиной открывая и заводя её разными ключами, и климат будет ставить настройки привязанные к конкретно к их ключу. Вероятно, что при автозапуске климат ставит настройки привязанные к одному идентификатору ключа, а при выключении запоминает их к другому ключу.